祥云县有大小河流33条，其中：属金沙江流域的19条、属红河流域的14条，径流面积在50平方公里以上河流15条，长度均在10公里以下。县境内有湖泊2个、水库281座、渠首设计流量每秒3立方米以上的排灌渠道12条。长期以来，祥云县加强对河泊水环境、水生态、水资源的保护治理和管理，取得了显著的综合效益。
为继续巩固取得成果，祥云县全面推行“河长制”，覆盖县境内所有河泊、径流面积达50平方公里以上的15条河流、2个湖泊、6座小型水库、10座小（一）型水库、1座小（二）型水库及渠道设计流量每秒3立方米以上的12条排灌渠道，全部纳入县级河长制管理，县委书记、县长分别任“总河长”“副总河长”，专职县委副书记、县人大常会主任、县政协主席分别任总督察、副总督察，领导干部挂帅当河长，县级领导担任河长的河湖库渠46件，做到了河湖库渠监管到人。50平方公里以下河流，乡镇管理的264座小（二）型水库、坝塘和小于1平方公里的湖泊湿地，以及渠道设计流量小于每秒3立方米的渠道，分别纳入乡镇、村（社区）、组级河长制管理。
按照统筹城乡建设水清岸绿的美好水环境的工作要求，祥云县全面推行河长制是落实绿色发展理念，在县乡村组建立河长制，明确职责，突出主体责任，既管水，也管岸，完善水利治理体系，创新保障水安全制度，积极开展保护水资源和湿地修复等工作，为改善生态环境提供坚实保障。